三峡工程对长江流域生态环境造成哪些影响

简单说，流域就是以分水岭为界的集水区域，在一个流域里，来自大气的降水自山坡一级级从小河（部分降水被土壤植物吸收），汇入大河，支流，干流，最后汇入大海，海面蒸发水分被送到陆地上空形成降雨便是一个完整的水循环。整个河流是一个完整的各种物质、能量流通的系统，上下游，尤其是上游对下游有着很大的作用。比如，来自中上游的土壤被河水带至入海口将沉积形成冲积平原和三角洲生态系统，通常都是农业发达区，但是河流中的泥沙问题也会影响水质，另外水土流失严重的话则会导致土壤层被破坏（土壤层很薄，而且土壤的形成需要很长时间，地质时间），会加重各种环境问题。另外水是有能量的，河流的发展也是动态的过程，河流的形态会变化，长时间则会趋于某种平衡。

在一条自然河流上建一个大坝，就等于人为截断了原有的上下游之间的关系。通常15米以上的坝就称为大坝，全世界大概有5万座高于15米的大坝，大概滞留了15％的年淡水径流。
一般说来，大坝对流域自然生态环境的影响：

水库的蓄水将减少和改变下游的供水系统，会减少下游生物多样性，减少渔业收成，减少靠灌溉给水的农业收入。改变供水也包括原来的季节性自然供水变成了人为的蓄水放水系统。
水库拦截泥沙，也拦截了本输往下游的营养成分。同时将使下游的河水变清，清水侵蚀力大于浊水，将会加大下游的河道侵蚀。
阻断了鱼类迁移洄游
水库大量蓄水会改变水温，影响水质，也会对下游的水生生物造成影响
水库蓄水会产生温室气体，大的水体也有引发地震的可能 等等
另外，非常值得注意的是，虽然建坝之前都会做出各种评估和计算，但是人类并不完全了解河流，再明细的计算也不能完全预测河流上坝后的各种变化，并且很多情况下是低估了问题的严重性。三门峡就是一个很好（很坏）的例子，泥沙问题大大大缩短了大坝的使用年限，单经济成本投入方面就得不偿失。
还有，大坝的效益之间，其实是有冲突的。最简单的例子，发电和防旱，要发电要经济利益就需要高坝高水位，但是要防旱要灌溉就要放水。三门峡当时就水位问题的讨论还包括要达到预设的发电效益的水位就意味着多淹多少面积，以及水位抬高后，对某个支流产生的严重影响。所以这里面还有很多部门之间，区县之间的利益相争。
还有，大坝将随着年龄的增长而增加维护费用，以及应付各种过去不曾预见的问题。
建大坝成本很高，需要时间长，水力发电的成本效益分析很值得认真分析。